20世纪90年代，日本“泡沫经济”崩溃之后，房地产价格与股票价格迅速跌落，一些企业背负上沉重的债务负担，影响了企业的主营业务，只能依靠银行的持续贷款维持经营。僵尸企业数量大幅增加，致使日本银行系统的不良贷款数量持续上升，对金融系统稳定造成沉重打击，并对日本的产业升级转换造成不利影响，僵尸企业成为阻碍日本经济走出长期低迷的一大难题。
但在2003年之前，日本政府对处置泡沫经济的后果并不积极，寄希望于通过市场的力量解决。2003年，日本政府设立“产业再生机构”，创立“官民合作”解决僵尸企业问题的新模式，在解决日本的僵尸企业问题上发挥了重要作用。
“泡沫经济”崩溃后僵尸企业剧增
学者一般认为，企业经营的维持只能依靠银行的贷款与利息减免，且在短期内没有偿还债务的可能性，这样的低效率企业就是僵尸企业。
从日本的情况看，泡沫经济崩溃后，银行所持有的资产及其抵押品的价格大幅缩水，从而形成银行坏账。为避免坏账规模的扩大，满足资本充足率标准，银行不得不继续向财务情况糟糕的企业提供贷款，导致僵尸企业生成。
另一方面，在主银行制度下，银行与企业的关系密切，即便企业陷入了财务困境中，银行也会期望企业未来经营的改善，不会轻易放弃对企业的贷款，助长了僵尸企业的形成。
通过对1975年至2009年间在日本制造业、建筑业、批发业、不动产业以及服务业中的僵尸企业所占比率的统计可知，1989年日本企业中僵尸企业比率最低，仅为3.6%。但此后随着泡沫经济崩溃，僵尸企业比率不断上升，从1990年的4.2%一路提升至2001年的25.5%。从2002年开始僵尸企业比率开始下降，到2007年下降至11.1%，与2001年相比下降14.4%。受2008年全球金融危机的影响，日本僵尸企业比率再度提升至26.8%，达到历史最高水平。2009年则下降至12.8%。
整体上看，泡沫经济崩溃后，日本僵尸企业经历了一个从恶化到改善的过程。特别是从2002年至2007年之间出现了一个明显的改善过程。这一时期恰逢战后日本第14次经济循环周期的繁荣期，尽管年平均增长率仅为2%左右，但却是战后日本最长的经济繁荣期，这说明僵尸企业的多寡与经济景气情况成反比。同时这段时间正好与产业再生机构存续的时间相吻合，表明产业再生机构在处理僵尸企业问题上发挥了一定作用。
僵尸企业带来诸多负面影响
20世纪90年代中后期，僵尸企业数量不断增多，对陷入长期萧条的日本经济产生了诸多负面影响。
其一，僵尸企业导致银行不良债权数量上升。
90年代日本银行部门对于僵尸企业无节制的贷款，未能改善僵尸企业的业务发展情况。由于企业偿债能力日趋低下，致使银行不良债权不断增加。根据日本金融厅的统计数据，泡沫经济崩溃后，日本的不良债权数额不断上升，至2002年不良债权总额已经达到43.2万亿日元，不良债权比率高达8.4%，为历史最高点。不良债权数额不断累积，对日本金融系统产生巨大压力，导致银行部门“惜贷”成风，严重阻碍了经济复苏。
其二，僵尸企业影响企业的更新换代，降低了经济的全要素生产率。
银行部门为防止不良债权进一步扩大，对于财务状况不佳的僵尸企业继续追加贷款。虽然避免了企业破产，但限制了新企业进入市场的发展空间。僵尸企业在市场上长期存在，影响了具有高生产率的企业进入市场，导致行业整体乃至整个日本经济的全要素生产率出现下降。根据日本产业生产率数据库（JIP database）2015年的测算结果，90年代日本全要素生产率增速仅为0.02%，比80年代的1.41%下降了1.39%。全要素生产率增长持续低迷，导致了日本经济增长的长期萧条。
其三，僵尸企业扭曲资源配置不利于产业升级。
僵尸企业主要分布在服务业、建筑业等生产效率较低的行业，这导致有限的金融资源被分配给了生产效率较低的行业，金融资源分配上出现资源错配，造成金融资源在使用上的低效率，阻碍了资源在产业间的流动。具有较高生产效率的行业由于无法获得足够的金融资源，抑制了新兴产业的发展。而低效的落后产业又无法被市场淘汰，造成90年代后日本产业升级的停滞。
成立“产业再生机构”处理僵尸企业
在20世纪70至80年代，日本的钢铁业、金属冶炼行业就存在严重的产能过剩、设备过剩问题。由于国内钢材需求下降，企业收益减少，而生产成本迅速增加，日本钢铁企业陷入僵尸企业的危机之中。当时，日本政府在运用产业政策削减过剩产能的同时，采取向海外转移产能的方法，促进产业升级转型。通过产能的国际间转移，缓解了僵尸企业的经营困境，扩大了企业的销售市场，而且促进了国家与地区间的区域合作，实现了生产技术的国际间扩散。新日铁与宝钢的合作即是产能海外转移、化解僵尸企业问题的一个成功案例。
到了20世纪90年代中后期，日本实施双宽松的金融与货币政策，但未对僵尸企业及其所产生的问题给予足够重视。在此期间，日本政府投入大量财政资金，提供了低利率的宽松的货币环境，这反而成了僵尸企业滋生的土壤，加剧了僵尸企业的滋生与蔓延。
直至2001年日本政府才开始着手解决僵尸企业的问题。解决僵尸企业的问题，关键是要阻止银行继续对企业实施贷款。依靠银行和企业自行解决这一问题显然非常困难，成立第三方机构十分必要。为解决银行部门的不良债权问题，减少僵尸企业数量，恢复日本产业的活力，2003年日本公布了“株式会社产业再生机构法”，宣布成立产业再生机构，帮助仍有实力的僵尸企业走出财务困境，以实现企业经营的“再生”。
产业再生机构由政府主导设立，主要股东由日本存款保险机构以及农林水产业协同组合等多家国家政策性金融机构组成。且产业再生机构对于企业的援助必须经过主管大臣审批，因而具有较为浓重的政府主导色彩。处理银行的不良债权，重建企业的经营活动是产业再生机构的主要任务。为保证产业再生机构购买债券，政府提供了总额高达10万亿日元的保证金。
2007年，产业再生机构完成了全部支援企业的债券转让任务，提前一年开始整理清算。在产业再生机构存续的这四年时间中，总计对41家企业实施了援助措施。这些企业涉及的产业范围非常广泛，既包含电子设备制造、汽车制造等制造业，也包含批发零售、旅馆、观光等服务业，以及建筑、矿业等。总体看，所支援的产业以非制造业为主。从企业规模上看，中小企业占了大多数。
产业再生机构充分利用市场与政府的优势，实现在资源层面的互补，推进了日本不良债权以及僵尸企业问题的解决。这可以说是一种体制创新。虽然机构的存续时间有限、处理的企业数量不多，但起到了改善企业经营情况的作用，并在行业中起到示范效果，带动了产业发展与创新。此外，通过产业再生机构的援助与重组，促使被援助企业形成新的商业或经营模式，促进企业在市场中的竞争力提高，进而带动该企业所属的产业集群的发展。自2005年起日本的僵尸企业数量表现出回落趋势。
重在经营业务重建
日本的产业再生机构有两点特别重要，一是在设立方式上，表现为官民共建。不论是产业再生委员会委员的选任，还是企业债权购买决定、出资保证等都需经过政府批准。但是在产业再生机构的运作流程上又表现出以市场运作为主的特点，在资产评估、制定“企业重建计划”等环节都要求民营企业专家的参与。通过政府主导，可以促进不良债权问题的解决。
二是产业再生机构不仅重视处理不良债权问题，更重视企业经营的再生。在完成企业财务重建，企业财务走出困境后，产业再生机构便将援助重点调整为企业经营业务的重建。转让卖出企业的非核心业务，着重强化企业的核心业务，降低企业的经营成本，努力实现经营业务重建。
在具体方法上，产业再生机构综合运用股权重组、资产重组和债务重组等方法，帮助公司首先走出财务困境。其后，帮助公司制定经营计划，改善企业的生产经营情况。
首先，在接到来自企业和其主银行的支援申请后，产业再生机构会组织对该公司进行资产评估审查（preDD）以及资产评估(DD)。审查重点是综合审视被援助企业是否具有“企业重建”的可能性以及开展援助的价值。资产评估是产业再生机构实现企业援助的重要环节，综合各方面专家意见，制定“实际资产负债表”，计算被支援企业所需援助资金。
第二，制定与执行业务重组计划。根据资产评估阶段的资料，确定企业的核心业务与核心资产，以及需要转卖和放弃的业务与资产，确定企业的业务重组计划。然后，金融机构会按照业务重组计划的要求，放弃相应的债权，产业再生机构则会提供必要的金融援助。
业务重组计划的执行主要围绕三方面进行：改善企业经营的基本条件；开展新业务和新的经营项目，提高企业收益；以及调整公司内部组织。通过落实企业的业务重组计划，最终实现企业自主经营的恢复，走出财务困境的陷阱，而产业再生机构则会将持有的债权和股权转让给新的公司，完成其媒介作用。
第三，财务重建与债权处理。财务重建是企业实现业务重建的重要基础，产业再生机构实现被支援企业财务重建的主要方法是增减所有者权益。债权处理则着眼于企业经营的重建。产业再生机构以日本政府信用为背书，促成债务人与债权人在私下就企业债务处理达成一致意见，极大地提高了不良债权的处理速度，同时也减轻了被援助企业的负债金额，有利于企业经营业务的重建。
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